Madrasah Aliyah Negeri ( MAN ) Sanggau merupakan perubahan dari  Madrasah Aliyah Swasta “Darul Arqam”yang didirikan pada Tahun 1985 oleh para tokoh Agama Islam dan Tokoh Masyarakat Islam yang ada di Kota Sanggau dibawah sebuah Yayasan Islam Yaitu “Yayasan Kesejahteraan Muslimin Sanggau”. Yang kemudian beralih status menjadi Negeri dengan dasar Surat Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 515 A Tahun 1995 tertanggal 25 November 1995.

Adapun yang memimpin MAN Sanggau dari sejak berstatus NEGERI sampai sekarang adalah :

Tahun 1995 – 2000  : Drs. Tulus Widodo

Tahun 2001 – 2005 : Drs. Usmani

Tahun 2005 – 2019 : Drs. Ismatullah

Tahun 2019 – 2022 : Samad Harianto. S.Ag